Certains réseaux urbains profitent de leurs voies navigables (rivières, fleuves, mer ou océan) pour offrir des lignes de « bateau-bus ». Certains bateaux utilisent des énergies propres.
La navette maritime Muvimare effectue la liaison Ajaccio - Porticcio. La tarification est toutefois différente de celle du réseau de bus.
La ligne Adour 1 est intégrée au réseau Chronoplus (Mairie de Bayonne - Cale de Boucau - Anglet Brise Lames).
Le service BATCUB a été lancé le 2 mai 2013. Il est exploité avec 2 catamarans hybrides (45 places assises, 2 emplacements fauteuils roulants et 6 pour les vélos).
Le réseau Yélo de La Rochelle possède deux lignes maritimes exploitées par Transdev :
En novembre 2017, le passeur Galilée alimenté par de l'hydrogène a été mis en service. L'expérimentation a cessé depuis. Désormais l'exploitation des deux lignes est effectuée avec 4 bateaux électro-solaires.
La rade de Lorient peut être traversée en bateau grâce à des lignes maritimes reliant Lorient, Locmiquelic, Port-Louis et Gâvres. Les lignes sont préfixées par la lettre B depuis la mise en place du nouveau réseau CTRL. Précédemment elles étaient numérotés à partir de 10.
5 lignes circulent toute l'année, dont une uniquement en fin de semaine. L'été, l'offre est renforcée avec 3 lignes estivales dont une nocturne le mardi soir.
Les horaires de ces lignes sont en correspondance avec le réseau de bus.
En mars 2022, Lorient agglomération a lancé un marché global de performance pour la conception, la réalisation et la maintenance d'un navire transrade utilisant l'hydrogène comme combustible. Ce navire devrait avoir une capacité de 150 passagers.
Le réseau TAN s'étend aussi sur la Loire et sur l'Erdre avec les lignes Navibus :
Le bateau Jules Verne 2 a été mis à l'eau en juin 2017. Il fonctionne à l'hydrogène (pile à combustible).
Depuis juin 2008, les 4 catamarans Voguéo naviguent sur la Seine et la Marne, entre la Gare d'Austerlitz et l'Ecole vétérinaire de Maisons-Alfort.
Le service a été supprimé début juin 2011.
Une navette fluviale privée existe sur le canal de Saint-Denis entre la station de métro Corentin Cariou (Paris) et le Millénaire (Aubervilliers). Elle permet aux salariés et aux clients d'accéder au centre commercial. Les horaires sont visibles en temps réel via l'application Zenbus.
Du 1er juin au 30 octobre 2022, une navette fluviale circule avec deux bateaux électriques entre le centre-ville de Metz (Moyen Pont) et Longeville-les-Metz en passant par le Saulcy et Saint-Symphorien. Ce service est intégré au réseau de transport public Le Met'.
Le réseau mistral possède trois lignes maritimes (bateau-bus) :
Ces lignes sont exploitées avec une flotte de 12 bateaux, dont deux hybrides.
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